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          研究生發(fā)現(xiàn)更全面染色體測序方法

          點(diǎn)擊次數(shù):997 更新時間:2011-12-20
           

          研究生發(fā)現(xiàn)更全面染色體測序方法
          來自韓國延世大學(xué)(Yonsei University) ,南加州大學(xué)USC生命科學(xué)學(xué)院分子與生物信息學(xué)課題組的生物學(xué)家發(fā)展了一種能對一個生物體全部染色體進(jìn)行測序的新方法,這一研究方法發(fā)表在Genome Research雜志上。
          統(tǒng)計(jì)學(xué)方法的作用是巨大的,因?yàn)楫?dāng)研究人員宣布他們完成了一種生物體基因組的測序的時候,實(shí)際上意味著他們已經(jīng)獲得了兩條染色體的測序融合的結(jié)果,但是USC生物信息學(xué)家Lei Li表示,“這并不代表事實(shí)。”
          在這篇文章中,Li和USC另外一位教授:Michael Waterman指導(dǎo)了他們的研究生Jong Hyun Kim(文章的*作者和通訊作者)從已經(jīng)公布的測序數(shù)據(jù)中,獲得了一種海洋無脊椎動物:Ciona intestinalis的染色體全部序列。
          Kim的這種方法利用了生物體中的高基因突變率,其它的也同樣具有高基因可變性的生物,比如魚類,都可以適用于這種方法。但是由于人類基因組相對而言突變率低,因此這種方法并不適合。
          但是Kim表示,這種方法也許可以用于人類基因組中那些高可變性的區(qū)域的測序。同時研究人員也發(fā)現(xiàn)了更多數(shù)據(jù)證明所謂的垃圾DNA也許是具有某種功能的。
          近期的研究表明垃圾DNA表達(dá)的蛋白可以調(diào)控基因功能,而且垃圾DNA在進(jìn)化過程中是高度保守的,這也說明了它們的重要意義——這篇Genome Research的研究確認(rèn)了許多垃圾DNA的短片段是保守的。
          那么這一種測序方法到底是什么呢?其關(guān)鍵核心步驟就是一個Gibbs sampling程序(吉布斯取樣法),這是一個probabilistic inference常用的方法,主要適用于不*信息的拷貝等。利用這種方法,研究人員估計(jì)Ciona intestinalis的多態(tài)性率是1.2%和1.5%(兩種不同的多態(tài)性計(jì)算方法)。
          過這些重構(gòu)分析,研究人員獲得了度為97%的單體型估測,從而構(gòu)建了一種比較分析學(xué)的方法,可以用于研究脊索動物保守DNA元件模式。
           

           

           
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