熒光定量PCR的基本原理就是在PCR擴增過程中，隨著PCR循環數的遞增，PCR產物不斷積累，熒光信號也會相應的增加，這樣就可以通過熒光強度的變化來對PCR反應進行實時的監測。探針法熒光PCR檢測試劑盒通過對DNA或RNA的熒光定量PCR監測，可以實現基因的相對定量、定量和定性分析。
 

　　熒光是指一種光致發光的冷發光現象。當某種常溫物質經某種波長的入射光照射，吸收光能后進入激發態，并且立即退激發并發出比入射光的波長長的出射光。其原理為：光照射到某些原子時，光的能量使原子核周圍的一些電子由原來的軌道躍遷到了能量更高的軌道，即從基態躍遷到第一激發單線態或第二激發單線態等。第一激發單線態或第二激發單線態等是不穩定的，所以會恢復基態，當電子由第一激發單線態恢復到基態時，能量會以光的形式釋放，所以產生熒光。與傳統PCR一樣，探針法熒光PCR檢測試劑盒反應在溫度模塊里循環進行；理論上每經過一個循環目的基因的數量都會增加一倍；每個循環結束后，定量PCR儀器通過不同的濾光片記錄熒光信號；在擴增過程中，熒光信號隨著PCR產物的增加而增強。
 

　　探針法熒光PCR檢測試劑盒探針法的本質是利用了熒光共振能量轉移現象，探針上存在一對能產生熒光共振能量轉移的基團，利用PCR反應中的一些過程(酶切，雜交等)，使兩個基團的距離產生變化，使系統中的熒光強度或者熒光種類發生變化，這種變化又與PCR產物的種類和量有直接關系，通過檢測這種變化，我們就可以檢測出PCR反應體系中產物的種類和量。